Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19
Kousathanas A., Pairo-Castineira E., Rawlik K., Stuckey A., Odhams CA., Walker S., Russell CD., Malinauskas T., Wu Y., Millar J., Shen X., Elliott KS., Griffiths F., Oosthuyzen W., Morrice K., Keating S., Wang B., Rhodes D., Klaric L., Zechner M., Parkinson N., Siddiq A., Goddard P., Donovan S., Maslove D., Nichol A., Semple MG., Zainy T., Maleady-Crowe F., Todd L., Salehi S., Knight J., Elgar G., Chan G., Arumugam P., Patch C., Rendon A., Bentley D., Kingsley C., Kosmicki JA., Horowitz JE., Baras A., Abecasis GR., Ferreira MAR., Justice A., Mirshahi T., Oetjens M., Rader DJ., Ritchie MD., Verma A., Fowler TA., Shankar-Hari M., Summers C., Hinds C., Horby P., Ling L., McAuley D., Montgomery H., Openshaw PJM., Elliott P., Walsh T., Tenesa A., Baillie JK., Begg C., Clohisey Hendry S., Hinds C., Horby P., Knight J., Ling L., Maslove D., McAuley D., Millar J., Montgomery H., Nichol A., Openshaw PJM., Pereira AC., Ponting CP., Rowan K., Semple MG., Shankar-Hari M., Summers C., Walsh T., Aravindan L., Armstrong R., Biggs H., Boz C., Brown A., Clark R., Coutts A., Coyle J., Cullum L., Das S., Day N., Donnelly L., Duncan E., Fawkes A., Finernan P., Fourman MH., Furlong A., Furniss J., Gallagher B., Gilchrist T., Golightly A., Griffiths F., Hafezi K., Hamilton D., Hendry R., Law A., Law D., Law R., Law S., Lidstone-Scott R., Macgillivray L., Maclean A., Mal H., McCafferty S., Mcmaster E., Meikle J., Moore SC., Morrice K., Murphy L., Murphy S., Hellen M., Oosthuyzen W., Zheng C., Chen J., Parkinson N., Paterson T., Schon K., Stenhouse A., Das M., Swets M., Szoor-McElhinney H., Taneski F., Turtle L., Wackett T., Ward M., Weaver J., Wrobel N., Zechner M., Arbane G., Bociek A., Campos S., Grau N., Jones TO., Lim R., Marotti M., Ostermann M., Shankar-Hari M., Whitton C., Alldis Z., Astin-Chamberlain R., Bibi F., Biddle J., Blow S., Bolton M., Borra C., Bowles R., Burton M., Choudhury Y., Collier D., Cox A., Easthope A., Ebano P., Fotiadis S., Gurasashvili J., Halls R., Hartridge P., Kallon D., Kassam J., Lancoma-Malcolm I., Matharu M., May P., Mitchelmore O., Newman T., Patel M., Pheby J., Pinzuti I., Prime Z., Prysyazhna O., Shiel J., Taylor M., Tierney C., Wood S., Zak A., Zongo O., Bonner S., Hugill K., Jones J., Liggett S., Headlam E., Bandla N., Gellamucho M., Davies M., Thompson C., Abdelrazik M., Bakthavatsalam D., Elhassan M., Ganesan A., Haldeos A., Moreno-Cuesta J., Purohit D., Vincent R., Xavier K., Kumar R., Frater A., Saleem M., Carter D., Jenkins S., Lamond Z., Wall A., Fernandez-Roman J., Hamilton DO., Johnson E., Johnston B., Martinez ML., Mulla S., Shaw D., Waite AAC., Waugh V., Welters ID., Williams K., Cavazza A., Cockrell M., Corcoran E., Depante M., Finney C., Jerome E., McPhail M., Nayak M., Noble H., O’Reilly K., Pappa E., Saha R., Saha S., Smith J., Knighton A., Antcliffe D., Banach D., Brett S., Coghlan P., Fernandez Z., Gordon A., Rojo R., Arias SS., Templeton M., Meredith M., Morris L., Ryan L., Clark A., Sampson J., Peters C., Dent M., Langley M., Ashraf S., Wei S., Andrew A., Bashyal A., Davidson N., Hutton P., McKechnie S., Wilson J., Baptista D., Crowe R., Fernandes R., Herdman-Grant R., Joseph A., O’Connor D., Allen M., Loveridge A., McKenley I., Morino E., Naranjo A., Simms R., Sollesta K., Swain A., Venkatesh H., Khera J., Fox J., Andrew G., Baillie JK., Barclay L., Callaghan M., Campbell R., Clark S., Hope D., Marshall L., McCulloch C., Briton K., Singleton J., Birch S., Brimfield L., Daly Z., Pogson D., Rose S., Nown A., Battle C., Brinkworth E., Harford R., Murphy C., Newey L., Rees T., Williams M., Arnold S., Polgarova P., Stroud K., Summers C., Meaney E., Jones M., Ng A., Agrawal S., Pathan N., White D., Daubney E., Elston K., Grauslyte L., Hussain M., Phull M., Pogreban T., Rosaroso L., Salciute E., Franke G., Wong J., George A., de Gordoa LO-R., Peasgood E., Phillips C., Bates M., Dasgin J., Gill J., Nilsson A., Scriven J., Collins A., Khaliq W., Gude ET., Delgado CC., Dawson D., Ding L., Durrant G., Ezeobu O., Farnell-Ward S., Harrison A., Kanu R., Leaver S., Maccacari E., Manna S., Saluzzio RP., Queiroz J., Samakomva T., Sicat C., Texeira J., Da Gloria EF., Lisboa A., Rawlins J., Mathew J., Kinch A., Hurt WJ., Shah N., Clark V., Thanasi M., Yun N., Patel K., Bennett S., Goodwin E., Jackson M., Kent A., Tibke C., Woodyatt W., Zaki A., Abraheem A., Bamford P., Cawley K., Dunmore C., Faulkner M., Girach R., Jeffrey H., Jones R., London E., Nagra I., Nasir F., Sainsbury H., Smedley C., Patel T., Smith M., Chukkambotla S., Kazi A., Hartley J., Dykes J., Hijazi M., Keith S., Khan M., Ryan-Smith J., Springle P., Thomas J., Truman N., Saad S., Coleman D., Fine C., Matt R., Gay B., Dalziel J., Ali S., Goodchild D., Harling R., Bhatterjee R., Goddard W., Davison C., Duberly S., Hargreaves J., Bolton R., Davey M., Golden D., Seaman R., Cherian S., Cutler S., Heron AE., Roynon-Reed A., Szakmany T., Williams G., Richards O., Cheema Y., Brooke H., Buckley S., Suarez JC., Charlesworth R., Hansson K., Norris J., Poole A., Rose A., Sandhu R., Sloan B., Smithson E., Thirumaran M., Wagstaff V., Metcalfe A., Brunton M., Caterson J., Coles H., Frise M., Rai SG., Jacques N., Keating L., Tilney E., Bartley S., Bhuie P., Gibson S., Lyle A., McNeela F., Radhakrishnan J., Hughes A., Yates B., Reynolds J., Campbell H., Thompsom M., Dodds S., Duffy S., Greer S., Shuker K., Tridente A., Khade R., Sundar A., Tsinaslanidis G., Birkinshaw I., Carter J., Howard K., Ingham J., Joy R., Pearson H., Roche S., Scott Z., Bancroft H., Bellamy M., Carmody M., Daglish J., Moore F., Rhodes J., Sangombe M., Kadiri S., Scriven J., Croft M., White I., Frost V., Aquino M., Jha R., Krishnamurthy V., Lim L., Lim L., Combes E., Joefield T., Monnery S., Beech V., Trotman S., Almaden-Boyle C., Austin P., Cabrelli L., Cole S., Casey M., Chapman S., Whyte C., Baird Y., Butler A., Chadbourn I., Folkes L., Fox H., Gardner A., Gomez R., Hobden G., Hodgson L., King K., Margarson M., Martindale T., Meadows E., Raynard D., Thirlwall Y., Helm D., Margalef J., Criste K., Cusack R., Golder K., Golding H., Jones O., Leggett S., Male M., Marani M., Prager K., Williams T., Roberts B., Salmon K., Anderson P., Archer K., Austin K., Davis C., Durie A., Kelsall O., Thrush J., Vigurs C., Wild L., Wood H-L., Tranter H., Harrison A., Cowley N., McAlindon M., Burtenshaw A., Digby S., Low E., Morgan A., Cother N., Rankin T., Clayton S., McCurdy A., Ahmed C., Baines B., Clamp S., Colley J., Haq R., Hayes A., Hulme J., Hussain S., Joseph S., Kumar R., Maqsood Z., Purewal M., Benham L., Bradshaw Z., Brown J., Caswell M., Cupitt J., Melling S., Preston S., Slawson N., Stoddard E., Warden S., Deacon B., Lynch C., Pothecary C., Roche L., Howe GS., Singh J., Turner K., Ellis H., Stroud N., Hunt J., Dearden J., Dobson E., Drummond A., Mulcahy M., Munt S., O’Connor G., Philbin J., Rishton C., Tully R., Winnard S., Cathcart S., Duffy K., Puxty A., Puxty K., Turner L., Ireland J., Semple G., Long K., Whiteley S., Wilby E., Ogg B., Cowton A., Kay A., Kent M., Potts K., Wilkinson A., Campbell S., Brown E., Melville J., Naisbitt J., Joseph R., Lazo M., Walton O., Neal A., Alexander P., Allen S., Bradley-Potts J., Brantwood C., Egan J., Felton T., Padden G., Ward L., Moss S., Glasgow S., Abel L., Brett M., Digby B., Gemmell L., Hornsby J., MacGoey P., O’Neil P., Price R., Rodden N., Rooney K., Sundaram R., Thomson N., Hopkins B., Scriven J., Thrasyvoulou L., Willis H., Clark M., Coulding M., Jude E., McCormick J., Mercer O., Potla D., Rehman H., Savill H., Turner V., Downes C., Holding K., Riches K., Hilton M., Hayman M., Subramanian D., Daniel P., Adanini O., Bhatia N., Msiska M., Collins R., Clement I., Patel B., Gulati A., Hays C., Webster K., Hudson A., Webster A., Stephenson E., McCormack L., Slater V., Nixon R., Hanson H., Fearby M., Kelly S., Bridgett V., Robinson P., Camsooksai J., Humphrey C., Jenkins S., Reschreiter H., Wadams B., Death Y., Bastion V., Clarke D., David B., Kent H., Lorusso R., Lubimbi G., Murdoch S., Penacerrada M., Thomas A., Valentine J., Vochin A., Wulandari R., Djeugam B., Bell G., English K., Katary A., Wilcox L., Bruce M., Connolly K., Duncan T., Michael HT., Lindergard G., Hey S., Fox C., Alfonso J., Durrans LJ., Guerin J., Blackledge B., Harris J., Hruska M., Eltayeb A., Lamb T., Hodgkiss T., Cooper L., Rothwell J., Allan A., Anderson F., Kaye C., Liew J., Medhora J., Scott T., Trumper E., Botello A., Lankester L., Nikitas N., Wells C., Stowe B., Spencer K., Brandwood C., Smith L., Clark R., Birchall K., Kolakaluri L., Baines D., Sukumaran A., Apetri E., Basikolo C., Blackledge B., Catlow L., Charles B., Dark P., Doonan R., Harris J., Harvey A., Horner D., Knowles K., Lee S., Lomas D., Lyons C., Marsden T., McLaughlan D., McMorrow L., Pendlebury J., Perez J., Poulaka M., Proudfoot N., Slaughter M., Slevin K., Taylor M., Thomas V., Walker D., Michael A., Collis M., Cosier T., Millen G., Richardson N., Schumacher N., Weston H., Rand J., Baxter N., Henderson S., Kennedy-Hay S., McParland C., Rooney L., Sim M., McCreath G., Akeroyd L., Bano S., Bromley M., Gurr L., Lawton T., Morgan J., Sellick K., Warren D., Wilkinson B., McGowan J., Ledgard C., Stacey A., Pye K., Bellwood R., Bentley M., Bewley J., Garland Z., Grimmer L., Gumbrill B., Johnson R., Sweet K., Webster D., Efford G., Convery K., Fottrell-Gould D., Hudig L., Keshet-Price J., Randell G., Stammers K., Bokhari M., Linnett V., Lucas R., McCormick W., Ritzema J., Sanderson A., Wild H., Rostron A., Roy A., Woods L., Cornell S., Wakinshaw F., Rogerson K., Jarmain J., Parker R., Reddy A., Turner-Bone I., Wilding L., Harding P., Abernathy C., Foster L., Gratrix A., Martinson V., Parkinson P., Stones E., Carbral-Ortega L., Bercades G., Brealey D., Hass I., MacCallum N., Martir G., Raith E., Reyes A., Smyth D., Zitter L., Benyon S., Marriott S., Park L., Keenan S., Gordon E., Quinn H., Baines K., Cagova L., Fofano A., Garner L., Holcombe H., Mepham S., Mitchell AM., Mwaura L., Praman K., Vuylsteke A., Zamikula J., Purewal B., Rivers V., Bell S., Blakemore H., Borislavova B., Faulkner B., Gendall E., Goff E., Hayes K., Thomas M., Worner R., Smith K., Stephens D., Mew L., Mwaura E., Stewart R., Williams F., Wren L., Sutherland S-B., Bevan E., Martin J., Trodd D., Watson G., Wrey Brown C., Akinkugbe O., Bamford A., Beech E., Belfield H., Bell M., Davies C., Jones GAL., McHugh T., Meghari H., O’Neill L., Peters MJ., Ray S., Tomas AL., Burn I., Hambrook G., Manso K., Penn R., Shanmugasundaram P., Tebbutt J., Thornton D., Cole J., Davies M., Davies R., Duffin D., Hill H., Player B., Thomas E., Williams A., Griffin D., Muchenje N., Mupudzi M., Partridge R., Conyngham J-A., Thomas R., Wright M., Corral MA., Jacob R., Jones C., Denmade C., Beavis S., Dale K., Gascoyne R., Hawes J., Pritchard K., Stevenson L., Whileman A., Doble P., Hutter J., Pawley C., Shovelton C., Vaida M., Butcher D., O’Sullivan S., Butterworth-Cowin N., Ahmad N., Barker J., Bauchmuller K., Bird S., Cawthron K., Harrington K., Jackson Y., Kibutu F., Lenagh B., Masuko S., Mills GH., Raithatha A., Wiles M., Willson J., Newell H., Lye A., Nwafor L., Jarman C., Rowland-Jones S., Foote D., Cole J., Thompson R., Watson J., Hesseldon L., Macharia I., Chetam L., Smith J., Ford A., Anderson S., Birchall K., Housley K., Walker S., Milner L., Hanratty H., Trower H., Phillips P., Oxspring S., Donne B., Jardine C., Williams D., Hay A., Flanagan R., Hughes G., Latham S., McKenna E., Anderson J., Hull R., Rhead K., Cruz C., Pattison N., Charnock R., McFarland D., Cosgrove D., Ahmed A., Morris A., Jakkula S., Nune A., Ali A., Brady M., Dale S., Dance A., Gledhill L., Greig J., Hanson K., Holdroyd K., Home M., Kelly D., Kitson R., Matapure L., Melia D., Mellor S., Nortcliffe T., Pinnell J., Robinson M., Shaw L., Shaw R., Thomis L., Wilson A., Wood T., Bayo L-A., Merwaha E., Ishaq T., Hanley S., Deacon B., Hibbert M., Pothecary C., Tetla D., Woodford C., Durga L., Kennard-Holden G., Branney D., Frankham J., Pitts S., White N., Laha S., Verlander M., Williams A., Altabaibeh A., Alvaro A., Gilbert K., Ma L., Mostoles L., Parmar C., Simpson K., Jetha C., Booker L., Pratley A., Adams C., Agasou A., Arden T., Bowes A., Boyle P., Beekes M., Button H., Capps N., Carnahan M., Carter A., Childs D., Donaldson D., Hard K., Hurford F., Hussain Y., Javaid A., Jones J., Jose S., Leigh M., Martin T., Millward H., Motherwell N., Rikunenko R., Stickley J., Summers J., Ting L., Tivenan H., Tonks L., Wilcox R., Skinner D., Gaylard J., Mullan D., Newman J., Holland M., Keenan N., Lyons M., Wassall H., Marsh C., Mahenthran M., Carter E., Kong T., Blackman H., Creagh-Brown B., Donlon S., Michalak-Glinska N., Mtuwa S., Pristopan V., Salberg A., Smith E., Stone S., Piercy C., Verula J., Burda D., Montaser R., Harden L., Mayangao I., Marriott C., Bradley P., Harris C., Anderson S., Andrews E., Birch J., Collins E., Hammerton K., O’Leary R., Clark M., Purvis S., Barber R., Hewitt C., Hilldrith A., Jackson-Lawrence K., Shepardson S., Wills M., Butler S., Tavares S., Cunningham A., Hindale J., Arif S., Bean S., Burt K., Spivey M., Demetriou C., Eckbad C., Hierons S., Howie L., Mitchard S., Ramos L., Serrano-Ruiz A., White K., Kelly F., Cristiano D., Dormand N., Farzad Z., Gummadi M., Liyanage K., Patel B., Salmi S., Sloane G., Thwaites V., Varghese M., Zborowski AC., Allan J., Geary T., Houston G., Meikle A., O’Brien P., Forsey M., Kaliappan A., Nicholson A., Riches J., Vertue M., Allan E., Darlington K., Davies F., Easton J., Kumar S., Lean R., Menzies D., Pugh R., Qiu X., Davies L., Williams H., Scanlon J., Davies G., Mackay C., Lewis J., Rees S., Oblak M., Popescu M., Thankachen M., Higham A., Simpson K., Craig J., Baruah R., Morris S., Ferguson S., Shepherd A., Moore LSP., Vizcaychipi MP., de Almeida Martins LG., Carungcong J., Ali IAM., Beaumont K., Blunt M., Coton Z., Curgenven H., Elsaadany M., Fernandes K., Mohamed Ally S., Rangarajan H., Sarathy V., Selvanayagam S., Vedage D., White M., Gill M., Paul P., Ratnam V., Shelton S., Wynter I., Carmody S., Page VJ., Beith CM., Black K., Clements S., Morrison A., Strachan D., Taylor M., Clarkson M., D’Sylva S., Norman K., Auld F., Donnachie J., Edmond I., Prentice L., Runciman N., Salutous D., Symon L., Todd A., Turner P., Short A., Sweeney L., Murdoch E., Senaratne D., Hill M., Kannan T., Wild L., Crawley R., Crew A., Cunningham M., Daniels A., Harrison L., Hope S., Inweregbu K., Jones S., Lancaster N., Matthews J., Nicholson A., Wray G., Langton H., Prout R., Watters M., Novis C., Barron A., Collins C., Kaul S., Passmore H., Prendergast C., Reed A., Rogers P., Shokkar R., Woodruff M., Middleton H., Polgar O., Nolan C., Thwaites V., Mahay K., Collier D., Hormis A., Maynard V., Graham C., Walker R., Knights E., Price A., Thomas A., Thorpe C., Behan T., Burnett C., Hatton J., Heeney E., Mitra A., Newton M., Pollard R., Stead R., Amin V., Anastasescu E., Anumakonda V., Karthik K., Kausar R., Reid K., Smith J., Imeson-Wood J., Brown A., Crickmore V., Debreceni G., Wilkins J., Nicol L., Khaliq W., Reece-Anthony R., Birt M., Ghosh A., Williams E., Allen L., Beranova E., Crisp N., Deery J., Hazelton T., Knight A., Price C., Tilbey S., Turki S., Turney S., Cooper J., Finch C., Liderth S., Quinn A., Waddington N., Coventry T., Fowler S., MacMahon M., McGregor A., Cowley A., Highgate J., Brown A., Gregory J., O’Connell S., Smith T., Barberis L., Gopal S., Harris N., Lake V., Metherell S., Radford E., Daniel A., Finn J., Saha R., White N., Easthope A., Donnison P., Trim F., Eapen B., Birch J., Bough L., Goodsell J., Tutton R., Williams P., Williams S., Winter-Goodwin B., Nichol A., Brickell K., Smyth M., Murphy L., Coetzee S., Gales A., Otahal I., Raj M., Sell C., Hilltout P., Evitts J., Tyler A., Waldron J., Beesley K., Board S., Kubisz-Pudelko A., Lewis A., Perry J., Pippard L., Wood D., Buckley C., Barry P., Flint N., Rekha P., Hales D., Bunni L., Jennings C., Latif M., Marshall R., Subramanian G., McGuigan PJ., Wasson C., Finn S., Green J., Collins E., King B., Campbell A., Smuts S., Duffield J., Smith O., Mallon L., Watkins C., Botfield L., Butler J., Dexter C., Fletcher J., Garg A., Kuravi A., Ranga P., Virgilio E., Belagodu Z., Fuller B., Gherman A., Olufuwa O., Paramsothy R., Stuart C., Oakley N., Kamundi C., Tyl D., Collins K., Silva P., Taylor J., King L., Coates C., Crowley M., Wakefield P., Beadle J., Johnson L., Sargeant J., Anderson M., Brady A., Chan R., Little J., McIvor S., Prady H., Whittle H., Mathew B., Attwood B., Parsons P., Ward G., Bremmer P., Joe W., Tracy B., Jim R., Davies E., Roche L., Sathe S., Dennis C., McGregor A., Parris V., Srikaran S., Sukha A., Campbell R., Clarke N., Whiteside J., Mascarenhas M., Donaldson A., Matheson J., Barrett F., O’Hara M., Okeefe L., Bradley C., Eastgate-Jackson C., Filipe H., Martin D., Maharajh A., Garcia SM., Pakou G., De Neef M., Dent K., Horsley E., Akhtar MN., Pearson S., Potoczna D., Spencer S., Clapham M., Harper R., Poultney U., Rice P., Smith T., Mutch R., Barberis L., Armstrong L., Bates H., Dooks E., Farquhar F., Hairsine B., McParland C., Packham S., Bi R., Scholefield B., Ashton L., George L., Twiss S., Wright D., Chablani M., Kirkby A., Netherton K., Davies K., O’Brien L., Omar Z., Otahal I., Perkins E., Lewis T., Sutherland I., Burns K., Higham A., Chandler B., Elliott K., Mallinson J., Turnbull A., Gondo P., Hadebe B., Kayani A., Masunda B., Anderson T., Hawcutt D., O’Malley L., Rad L., Rogers N., Saunderson P., Allison KS., Afolabi D., Whitbread J., Jones D., Dore R., Halkes M., Mercer P., Thornton L., Dawson J., Garrioch S., Tolson M., Aldridge J., Kapoor R., Loader D., Castle K., Humphreys S., Tampsett R., Mackintosh K., Ayers A., Harrison W., North J., Allibone S., Genetu R., Kasipandian V., Patel A., Mac A., Murphy A., Mahjoob P., Nazari R., Worsley L., Fagan A., Bemand T., Black E., Dela Rosa A., Howle R., Jhanji S., Baikady RR., Tatham KC., Thomas B., Bell D., Boyle R., Douglas K., Glass L., Lee E., Lennon L., Rattray A., Taylor A., Hughes RA., Thomas H., Rees A., Duskova M., Phipps J., Brooks S., Edwards M., Parris V., Quaid S., Watson E., Brayne A., Fisher E., Hunt J., Jackson P., Kaye D., Love N., Parkin J., Tuckey V., van Koutrik L., Carter S., Andrew B., Findlay L., Adams K., Service J., Williams A., Cheyne C., Saunderson A., Moultrie S., Odam M., Hall K., Mapfunde I., Willis C., Lyon A., Sri-Chandana C., Scherewode J., Stephenson L., Marsh S., Brealey D., Hardy J., Houlden H., Moncur E., Raith E., Tariq A., Tucci A., Hobrok M., Loosley R., McGuinness H., Tench H., Wolf-Roberts R., Irvine V., Shelley B., Easthope A., Gorman C., Gupta A., Timlick E., Brady R., Milligan B., Bellini A., Bryant J., Mayer A., Pickard A., Roe N., Sowter J., Howlett A., Fidler K., Tagliavini E., Donnelly K., Shelton JF., Shastri AJ., Ye C., Weldon CH., Filshtein-Sonmez T., Coker D., Symons A., Esparza-Gordillo J., Aslibekyan S., Auton A., Pathak GA., Karjalainen J., Stevens C., Andrews SJ., Kanai M., Cordioli M., Polimanti R., Pirinen M., Harerimana N., Veerapen K., Wolford B., Nguyen H., Solomonson M., Liao RG., Chwialkowska K., Trankiem A., Balaconis MK., Hayward C., Richmond A., Campbell A., Morris M., Fawns-Ritchie C., Glessner JT., Shaw DM., Chang X., Polikowski H., Petty LE., Chen H-H., Wanying Z., Hakonarson H., Porteous DJ., Below J., North K., McCormick JB., Timmers PRHJ., Wilson JF., Tenesa A., D’Mellow K., Kerr SM., Niemi MEK., Nkambul L., von Hohenstaufen KA., Sobh A., Eltoukhy MM., Yassen AM., Hegazy MAF., Okasha K., Eid MA., Moahmed HS., Shahin D., El-Sherbiny YM., Elhadidy TA., Abd Elghafar MS., El-Jawhari JJ., Mohamed AAS., Elnagdy MH., Samir A., Abdel-Aziz M., Khafaga WT., El-Lawaty WM., Torky MS., El-shanshory MR., Batini C., Lee PH., Shrine N., Williams AT., Tobin MD., Guyatt AL., John C., Packer RJ., Ali A., Free RC., Wang X., Wain LV., Hollox EJ., Venn LD., Bee CE., Adams EL., Niavarani A., Sharififard B., Aliannejad R., Amirsavadkouhi A., Naderpour Z., Tadi HA., Aleagha AE., Ahmadi S., Moghaddam SBM., Adamsara A., Saeedi M., Abdollahi H., Hosseini A., Chariyavilaskul P., Chamnanphon M., Suttichet TB., Shotelersuk V., Pongpanich M., Phokaew C., Chetruengchai W., Jantarabenjakul W., Putchareon O., Torvorapanit P., Puthanakit T., Suchartlikitwong P., Hirankarn N., Nilaratanakul V., Sodsai P., Brumpton BM., Hveem K., Willer C., Zhou W., Rogne T., Solligard E., Åsvold BO., Abedalthagafi M., Alaamery M., Alqahtani S., Barakeh D., Al Harthi F., Alsolm E., Safieh LA., Alowayn AM., Alqubaishi F., Al Mutairi A., Mangul S., Alshareef A., Sawaji M., Almutairi M., Aljawini N., Albesher N., Arabi YM., Mahmoud ES., Khattab AK., Halawani RT., Alahmadey ZZ., Albakri JK., Felemban WA., Suliman BA., Hasanato R., Al-Awdah L., Alghamdi J., AlZahrani D., AlJohani S., Al-Afghani H., Alrashed M., AlDhawi N., AlBardis H., Alkwai S., Alswailm M., Almalki F., Albeladi M., Almohammed I., Barhoush E., Albader A., Massadeh S., AlMalik A., Alotaibi S., Alghamdi B., Jung J., Fawzy MS., Lee Y., Magnus P., Trogstad L-IS., Helgeland Ø., Harris JR., Mangino M., Spector TD., Duncan E., Smieszek SP., Przychodzen BP., Polymeropoulos C., Polymeropoulos V., Polymeropoulos MH., Fernandez-Cadenas I., Perez-Tur J., Llucià-Carol L., Cullell N., Muiño E., Cárcel-Márquez J., DeDiego ML., Iglesias LL., Planas AM., Soriano A., Rico V., Agüero D., Bedini JL., Lozano F., Domingo C., Robles V., Ruiz-Jaén F., Márquez L., Gomez J., Coto E., Albaiceta GM., García-Clemente M., Dalmau D., Arranz MJ., Dietl B., Serra-Llovich A., Soler P., Colobrán R., Martín-Nalda A., Martínez AP., Bernardo D., Rojo S., Fiz-López A., Arribas E., de la Cal-Sabater P., Segura T., González-Villa E., Serrano-Heras G., Martí-Fàbregas J., Jiménez-Xarrié E., de Felipe Mimbrera A., Masjuan J., García-Madrona S., Domínguez-Mayoral A., Villalonga JM., Menéndez-Valladares P., Chasman DI., Buring JE., Ridker PM., Franco G., Sesso HD., Manson JE., Glessner JR., Hakonarson H., Medina-Gomez C., Uitterlinden AG., Ikram MA., Kristiansson K., Koskelainen S., Perola M., Donner K., Kivinen K., Palotie A., Ripatti S., Ruotsalainen S., Kaunisto M., Nakanishi T., Butler-Laporte G., Forgetta V., Morrison DR., Ghosh B., Laurent L., Belisle A., Henry D., Abdullah T., Adeleye O., Mamlouk N., Kimchi N., Afrasiabi Z., Rezk N., Vulesevic B., Bouab M., Guzman C., Petitjean L., Tselios C., Xue X., Schurr E., Afilalo J., Afilalo M., Oliveira M., Brenner B., Lepage P., Ragoussis J., Auld D., Brassard N., Durand M., Chassé M., Kaufmann DE., Lathrop GM., Mooser V., Richards JB., Li R., Adra D., Rahmouni S., Georges M., Moutschen M., Misset B., Darcis G., Guiot J., Guntz J., Azarzar S., Gofflot S., Beguin Y., Claassen S., Malaise O., Huynen P., Meuris C., Thys M., Jacques J., Léonard P., Frippiat F., Giot J-B., Sauvage A-S., von Frenckell C., Belhaj Y., Lambermont B., Pigazzini S., Nkambule L., Daya M., Shortt J., Rafaels N., Wicks SJ., Crooks K., Barnes KC., Gignoux CR., Chavan S., Laisk T., Läll K., Lepamets M., Mägi R., Esko T., Reimann E., Milani L., Alavere H., Metsalu K., Puusepp M., Metspalu A., Naaber P., Laane E., Pesukova J., Peterson P., Kisand K., Tabri J., Allos R., Hensen K., Starkopf J., Ringmets I., Tamm A., Kallaste A., Bochud P-Y., Rivolta C., Bibert S., Quinodoz M., Kamdar D., Boillat N., Nussle SG., Albrich W., Suh N., Neofytos D., Erard V., Voide C., de Cid R., Galván-Femenía I., Blay N., Carreras A., Cortés B., Farré X., Sumoy L., Moreno V., Mercader JM., Guindo-Martinez M., Torrents D., Kogevinas M., Garcia-Aymerich J., Castaño-Vinyals G., Dobaño C., Renieri A., Mari F., Fallerini C., Daga S., Benetti E., Baldassarri M., Fava F., Frullanti E., Valentino F., Doddato G., Giliberti A., Tita R., Amitrano S., Bruttini M., Croci S., Meloni I., Mencarelli MA., Rizzo CL., Pinto AM., Beligni G., Tommasi A., Di Sarno L., Palmieri M., Carriero ML., Alaverdian D., Busani S., Bruno R., Vecchia M., Belli MA., Picchiotti N., Sanarico M., Gori M., Furini S., Mantovani S., Ludovisi S., Mondelli MU., Castelli F., Quiros-Roldan E., Antoni MD., Zanella I., Vaghi M., Rusconi S., Siano M., Montagnani F., Emiliozzi A., Fabbiani M., Rossetti B., Bargagli E., Bergantini L., D’Alessandro M., Cameli P., Bennett D., Anedda F., Marcantonio S., Scolletta S., Franchi F., Mazzei MA., Guerrini S., Conticini E., Cantarini L., Frediani B., Tacconi D., Spertilli C., Feri M., Donati A., Scala R., Guidelli L., Spargi G., Corridi M., Nencioni C., Croci L., Bandini M., Caldarelli GP., Piacentini P., Desanctis E., Cappelli S., Canaccini A., Verzuri A., Anemoli V., Ognibene A., Pancrazzi A., Lorubbio M., D’Arminio Monforte A., Miraglia FG., Girardis M., Venturelli S., Cossarizza A., Antinori A., Vergori A., Gabrieli A., Riva A., Francisci D., Schiaroli E., Paciosi F., Scotton PG., Andretta F., Panese S., Scaggiante R., Gatti F., Parisi SG., Baratti S., Della Monica M., Piscopo C., Capasso M., Russo R., Andolfo I., Iolascon A., Fiorentino G., Carella M., Castori M., Merla G., Squeo GM., Aucella F., Raggi P., Marciano C., Perna R., Bassetti M., Di Biagio A., Sanguinetti M., Masucci L., Valente S., Mandalà M., Giorli A., Salerni L., Zucchi P., Parravicini P., Menatti E., Trotta T., Giannattasio F., Coiro G., Lena F., Coviello DA., Mussini C., Martinelli E., Mancarella S., Tavecchia L., Crotti L., Gabbi C., Rizzi M., Maggiolo F., Ripamonti D., Bachetti T., La Rovere MT., Sarzi-Braga S., Bussotti M., Ceri S., Pinoli P., Raimondi F., Biscarini F., Stella A., Zguro K., Capitani K., Suardi C., Dei S., Parati G., Ravaglia S., Artuso R., Bottà G., Di Domenico P., Rancan I., Perrella A., Bianchi F., Romani D., Bergomi P., Catena E., Colombo R., Tanfoni M., Vincenti A., Ferri C., Grassi D., Pessina G., Tumbarello M., Di Pietro M., Sabrina R., Luchi S., Barbieri C., Acquilini D., Andreucci E., Segala FV., Tiseo G., Falcone M., Lista M., Poscente M., De Vivo O., Petrocelli P., Guarnaccia A., Baroni S., Smith 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AbstractCritical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2–4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease.